Nato a Bertinoro, tra Umbria e Marche, intorno al 1450, fin da giovane abitò a Città di Castello, dove viveva una comunità piccola, ma assai fiorente, come spesso accadeva fino al secolo scorso. Lì difatti ebbe occasione di studiare sotto la direzione di uno dei più famosi sapienti dell’epoca, Rav Yosef Colon. Ma la sua fama cominciò a fiorire dopo che egli lasciò l’Italia. Infatti alla fine del 1485 andò a Roma, da dove si spostò successivamente a Napoli, a Salerno ed a Palermo, ove rimase per tre mesi, mantenendosi coi proventi dei suoi discorsi al Bet Hakkenèset. Rifiutò il Rabbinato di Palermo, e proseguì per Messina, dove si imbarcò per Rodi e poi per Alessandria d’Egitto.

Si stabilì al Cairo, dove fu accolto con grandi onori, ma anche lì rifiutò la cattedra rabbinica, e proseguì il suo viaggio attraverso Gaza, Chevròn e Betlemme, fino a Gerusalemme, dove arrivò poco prima di Pèsach del 1488. Lì fu accolto calorosamente da Rav Ya’akov da Colombano, un rabbino tedesco che lo aveva conosciuto in Italia.

Amareggiato per la disorganizzazione e la disunione della piccola Comunità ebraica a Gerusalemme, accettò di diventarne guida, ed attraverso la sua personalità ottenne di organizzarvi corsi di studi ebraici regolari, servizi funerari (di cui si occupò personalmente) ed una vera e propria organizzazione comunale. Inoltre si fece carico personale della raccolta di fondi dall’Italia per i poveri della città. Dal beneficiario delle sue proprietà in Italia, Emanuele Vita Camerino di Firenze, ottenne un’offerta di 100 ducati all’anno, poi elevata a 125. Dal 1492 si dedicò anche all’insegnamento degli ebrei profughi dalla penisola iberica. Dopo un breve periodo (1490 - 1495) come rabbino a Chevròn, tornò a Gerusalemme, ove morì intorno al 1516, e fu sepolto ai piedi del Monte degli Olivi, dove la sua tomba è ancora meta di visitatori.

Scrisse poesie, preghiere ed un ricco epistolario, il tutto ancora manoscritto. Tre delle sue lettere furono poi stampate col titolo "Darkhè Ziòn" (La via di Sion), perchè vi descrive il suo viaggio dall’Italia ed i luoghi da lui visitati. Il suo libro "’Amar Neka" (un commento al commentario di Rashì sulla Torà) fu stampato solo nel 1810.

Ma il suo capolavoro, per cui è universalmente noto, è il suo commento alla Mishnà, pubblicato per la prima volta a Venezia nel 1548-49, con cui segue il testo della Mishnà parola per parola, in uno stile piano e lucido. Si basa essenzialmente suoi commenti di Rashì, di Maimonide e di Ashèr ben Yechièl, ma di per sè è diventato talmente un classico che quasi nessuna edizione della Mishnà può fare a meno di stampare in margine il commento del Bertinoro, che rappresenta così per la Mishnà ciò che il commento di Rashì rappresenta per il Talmud: un complemento essenziale ed irrinunciabile.